主に株式の複数の資産や銘柄の組み合わせにおいて、一定の投資ルールに基づいて機械的に行う運用手法のことをシステム運用といいます。コンピューターシステムが運用実務の面で普及するようになり国内で用いられるようになってきた言葉です。単純なルールに基づき機械的に行うものから、複雑な投資理論や分析的手法に基づくものまで様々なものがあります。運用目標においても、リスク・リターンのレベルの差があり明確ではありません。
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